Dirençli bakterilerle mücadelede, klasik antibiyotiklerin ötesine geçen yöntemlere ihtiyaç giderek daha belirgin hâle geliyor. İstanbul Teknik Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü'nde doktora öğrencisi ve araştırma görevlisi olan Merve Yüce, İTÜ’deki yüksek lisans eğitimi sırasında yer aldığı projeyle, ribozomu hedef alan yeni nesil antibiyotiklerin bilgisayar destekli tasarımı ve laboratuvar ortamında test edilmesini amaçlayan kapsamlı bir araştırma sürecinin parçası oldu. Eğitim süresince kazandığı teorik altyapıyı pratiğe dönüştürme fırsatı bulan Yüce, moleküler modelleme ve dinamik simülasyon teknikleriyle bilimsel analiz yetkinliğini derinleştirdi.

“İTÜ'de aldığım lisansüstü eğitimin teorik altyapısını pratiğe dönüştürmemi sağladı. Hesaplamalı yöntemlerin bilimsel araştırmalardaki önemini daha iyi kavradım; iletişim ve iş birliği becerilerimi geliştirdim." diyor Yüce

İstanbul Teknik Üniversitesi çatısı altında, TÜBİTAK 1001 Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı kapsamında yürütülen projede Doç. Dr. Ayşe Özge Kürkçüoğlu Levitas yürütücülüğünde, bakteriyel ribozoma bağlanabilecek yeni antibakteriyel bileşiklerin in siliko tasarımı, in vitro test edilmesi ve kriyo-elektron mikroskopisi ile görüntülenmesi hedeflendi. Projede beş farklı sanal kütüphane taranarak ribozoma yüksek afinitesi olan moleküller belirlendi; ardından bu bileşiklerin moleküler dinamik analizleri yapıldı. Umut vadeden adaylar laboratuvar ortamında test edilerek ribozom aktiviteleri üzerindeki etkileri incelendi. Çalışmanın son aşamasında ise kriyo-EM teknikleri kullanılarak moleküllerin ribozoma nereden ve nasıl bağlandıkları görselleştirildi.

Proje çıktıları hem akademik hem de toplumsal etki bakımından dikkat çekici bir potansiyele sahip. Bir yüksek lisans ve üç doktora öğrencisinin tez süreçlerini destekleyen bu araştırma kapsamında uluslararası hakemli bir dergide yayın yapılmış, birden fazla bildiri sunulmuş ve yeni yayın hazırlıkları sürdürülmektedir. Ayrıca, bir patent veya faydalı model başvurusu hedeflenmektedir. Geliştirilen yaklaşımın yalnızca antibiyotik direncine çözüm üretmekle sınırlı kalmayıp, pandemiler gibi acil çözüm gerektiren sağlık krizlerinde de hızlı ilaç geliştirme süreçlerine katkı sunması öngörülmektedir.

Dirençli bakterilerle mücadelede, klasik antibiyotiklerin ötesine geçen yöntemlere ihtiyaç giderek daha belirgin hâle geliyor. İstanbul Teknik Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü'nde doktora öğrencisi ve araştırma görevlisi olan Merve Yüce, İTÜ’deki yüksek lisans eğitimi sırasında yer aldığı projeyle, ribozomu hedef alan yeni nesil antibiyotiklerin bilgisayar destekli tasarımı ve laboratuvar ortamında test edilmesini amaçlayan kapsamlı bir araştırma sürecinin parçası oldu. Eğitim süresince kazandığı teorik altyapıyı pratiğe dönüştürme fırsatı bulan Yüce, moleküler modelleme ve dinamik simülasyon teknikleriyle bilimsel analiz yetkinliğini derinleştirdi.

“İTÜ'de aldığım lisansüstü eğitimin teorik altyapısını pratiğe dönüştürmemi sağladı. Hesaplamalı yöntemlerin bilimsel araştırmalardaki önemini daha iyi kavradım; iletişim ve iş birliği becerilerimi geliştirdim." diyor Yüce

İstanbul Teknik Üniversitesi çatısı altında, TÜBİTAK 1001 Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı kapsamında yürütülen projede Doç. Dr. Ayşe Özge Kürkçüoğlu Levitas yürütücülüğünde, bakteriyel ribozoma bağlanabilecek yeni antibakteriyel bileşiklerin in siliko tasarımı, in vitro test edilmesi ve kriyo-elektron mikroskopisi ile görüntülenmesi hedeflendi. Projede beş farklı sanal kütüphane taranarak ribozoma yüksek afinitesi olan moleküller belirlendi; ardından bu bileşiklerin moleküler dinamik analizleri yapıldı. Umut vadeden adaylar laboratuvar ortamında test edilerek ribozom aktiviteleri üzerindeki etkileri incelendi. Çalışmanın son aşamasında ise kriyo-EM teknikleri kullanılarak moleküllerin ribozoma nereden ve nasıl bağlandıkları görselleştirildi.

Proje çıktıları hem akademik hem de toplumsal etki bakımından dikkat çekici bir potansiyele sahip. Bir yüksek lisans ve üç doktora öğrencisinin tez süreçlerini destekleyen bu araştırma kapsamında uluslararası hakemli bir dergide yayın yapılmış, birden fazla bildiri sunulmuş ve yeni yayın hazırlıkları sürdürülmektedir. Ayrıca, bir patent veya faydalı model başvurusu hedeflenmektedir. Geliştirilen yaklaşımın yalnızca antibiyotik direncine çözüm üretmekle sınırlı kalmayıp, pandemiler gibi acil çözüm gerektiren sağlık krizlerinde de hızlı ilaç geliştirme süreçlerine katkı sunması öngörülmektedir.